В середине VI в. Афинская Агора была основана на северо-западе Священной Скалы Акрополя, между холмами Арейос Пагос и Агорайос Колонос, которая, по крайней мере, в течение следующих четырех столетий была центром города классических и эллинистических времен. Здесь были возведены важнейшие общественные здания и святилища нищих, развернулась интенсивная административная, политическая, судебная, торговая, социальная, культурная и религиозная деятельность. Последовательность застройки Агоры во времени отражает эволюционный курс демократического государства за пять веков существования города-государства.
Первые следы человеческого проживания на обширной территории Агоры относятся к эпохе позднего неолита (около 3000 г. до н.э.) и представляют собой раковины самодельных сосудов, найденных в колодцах и ямах. В течение следующих двух периодов, позднегреческого или микенского (1550–1100 гг. до н.э.) и железного века (1100–700 гг. до н.э.), в этом районе расширяется кладбище со сводчатыми гробницами в первом, с кремацией и захоронения во втором. Параллельно развивается небольшой геометрический поселок.
В VI в. государство с обширными конфигурациями преобразовало это пространство из частного в общественное, чтобы разместить Городской рынок. Первые общественные здания, Юго-Восточный фонтан и Алтарь 12 богов, появились в 520 г. до н.э., во время тирании Писистратидов. При смене правительства снова на демократическое, в 508/7 г. до н.э. началась активная строительная деятельность на рынке. Сначала были построены Старый Булевтерион для нового Парламента и Стоа Васили.
Разграбление Агоры персидскими войсками в 480/479 г. до н.э. превратил многие постройки в руины. Со 2 четверти V в. наблюдалась интенсивная реконструкция, продолжавшаяся в IV в. и напрямую связано с процветанием республики. В то время были построены Стоа, Купол, Новый Булевтерион, Стоа Зевса Элефтериоса, Северная Стоа I, Монетный двор, Дворы, Храм Гефеста, Храм Аполлона Патрооса, Юго-западный фонтан и т. д. За политическим упадком Афин, вызванным возвышением Александра Македонского в царство Македонии, последовало культурное процветание 2 века до нашей эры. Афинская агора приобрела новую форму в то время, когда были построены три больших стоических здания: Средняя Стоа, Южная Стоа II и Стоа Аттала.
Их разграбление войсками Суллы в 86 г. до н.э. нанесло большой удар по зданиям Агоры в качестве наказания, потому что афиняне встали на сторону царя Митридата Понтийского, а не римлян. Несмотря на бедствия, город пережил новый расцвет во время правления Октавиана-Августа (27 г. до н.э. — 14 г. н.э.) и Адриана (117-138 гг.). На центральной площади Агоры была возведена консерватория для проведения музыкальных мероприятий, Юго-Западный и Юго-восточный храмы для поклонения императорской семье и Храм Марса были переданы из Паллини как есть.
В 267 г. вторжение Героев в корне разрушило постройки Агоры. На следующем этапе реконструкции города территория была обнаружена за пределами нового фортификационного корпуса и роскошных комплексов городских вилл V и VI вв. н.э., в котором неоплатоническая философия процветала в последний раз. Последовательные атаки с конца 4-го по конец 6-го в. н.э., когда произошло нашествие славян, снова привело к разрушению построек Агоры, что привело к окончательному упадку этой области.